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1、應考慮和周圍環境的關系；一、二級生物安全實驗室無需特殊選址，可共用普通建筑物，宜在建筑物一段或一側。可與其它部分相通，但應以可控制進入的密封門分開，有防止昆蟲和嚙齒類動物入內的設置（微生物與化學分離）；應參照《生物安全通用要求》執行。
2、應考慮所開展檢測項目的技術要求。開展致病菌檢測，應配備生物安全柜 3、不同區域有效隔離(致病菌檢測)，防止交叉污染，一般分為下列區域：接樣室、樣品保存室、培養基配制室、無菌室、培養室、儀器室、鑒定室、洗刷消毒室(各區域應配備紫外消毒等空氣消毒裝置)，此外，還應有數據處理和資料保存室，辦公室。盡量減少往返和迂回；洗刷消毒室應遠離實驗操作區。
4、設計時應考慮水、電、通風條件。 
5、實驗操作區域光線應達到一定照度，540lx。但不應在陽光直射下操作。貯存樣品和試劑的區域也應避免陽光照射。